Een klein dorp in het zuiden van Japan werd veroverd door demonen die via een portaal uit de onderwereld ontsnapten. Het karakter van het spel Demon Ninja Runner dappere ninja's zullen het dorp moeten binnendringen en alle demonen moeten vernietigen om het portaal naar de andere wereld te verzegelen. Jij gaat hem helpen in dit avontuur. Je personage rent rond een bepaalde locatie, springend en rennend rond verschillende obstakels en vallen. Als hij onderweg een demon tegenkomt, kan hij met hen vechten. Met behulp van werpwapens en je vertrouwde zwaard vernietig je tegenstanders en krijg je er punten voor. Verzamel na de dood van vijanden trofeeën die eruit kunnen vallen. Deze items zullen je held helpen in zijn gevechten.