In de wereld waar papieren mannen leven, wordt vandaag een man-tegen-man gevechtstoernooi gehouden. Jij in de game Paper Fighter 3D kunt eraan deelnemen. Nadat je je personage hebt gekozen, bevind je je in de arena voor gevechten. Tegenover je karakter staat de vijand. Op het sein begint het duel. Als je je personage behendig bestuurt, moet je dicht bij de vijand komen en hem aanvallen. Door het lichaam en het hoofd van de vijand te stoten, lastige trucs uit te voeren, moet je het niveau van zijn leven opnieuw instellen en hem vervolgens naar een knock-out sturen. Zo win je het duel en krijg je hiervoor een bepaald aantal punten.
