In de richting van een kleine nederzetting in Japan is een detachement rovers op weg. Ze vermoorden echter de lokale bevolking en plunderen het dorp. Een dappere ninja-krijger stond op om de lokale bevolking te beschermen. Jij in het spel Phase Ninja helpt de held om tegen de schurken te vechten. Voor je op het scherm zal zichtbaar zijn voor het gebied waarin je personage zich zal bevinden. Een vijandelijke eenheid zal in zijn richting bewegen. Met behulp van verschillende werpwapens en een boog met pijlen kun je tegenstanders op afstand vernietigen. Wanneer de vijand dichtbij komt, trek je je zwaard en ga je in close combat. Door met een zwaard op de vijand te slaan, vernietig je ze en krijg je er punten voor. Na de dood van vijanden kun je trofeeën oppakken die eruit vallen.
