De ninja besloot zijn benen te strekken en door de stad te rennen om munten te verzamelen. In het spel Ninja Runner ontmoet je een held en help je hem stadsparkour te regelen. Er zijn geen onoverkomelijke hoogten voor de held, je kunt meerdere keren op de man klikken en hij springt naar elke piek: een platform, een toren en nog een piek. Nadat je het level hebt doorlopen, kun je naar een ander level gaan, maar wees voorzichtig, op nieuwe levels zullen er extra obstakels zijn in de vorm van scherpe punten waar je niet op hoeft te springen om geen levensharten te verliezen. Er zijn steeds meer scherpe obstakels, wat betekent dat je heel snel en behendig moet zijn om de ninja te redden van het verliezen van levens in Ninja Runner.
