In een geheim laboratorium werden experimenten uitgevoerd met de hoofdpersoon van het Mutant Escape-spel. Wetenschappers brachten een mutant van hem naar buiten voor militaire behoeften. Op een keer vergat een van de bewakers de deur van de cel te sluiten en kon onze held eruit. Nu zal hij kunnen ontsnappen en jij gaat hem hierbij helpen. Met behulp van de bedieningstoetsen geef je aan in welke richting je personage moet bewegen. Onderweg zal hij verschillende items en wapens moeten verzamelen. Bewakers lopen rond in het laboratorium waarmee je personage de strijd aan moet gaan. Door nauwkeurig te schieten, vernietig je je tegenstanders en hiervoor krijg je punten in het Mutant Escape-spel. Je kunt ook trofeeën pakken die uit de bewakers kunnen vallen.
