Het alarm heeft zich verspreid over sommige delen van Minecraft. Dit betekent dat er ofwel zombies ofwel terroristen actief zijn geworden. Je squadron moet op commando arriveren voor een opruimmissie in Pixel Zombie Suvival Toonfare. Eenmaal op zijn plaats realiseerde je je dat je doelen deze keer cartoonzombies zullen zijn. Dit zijn stripfiguren die, nadat ze besmet waren geraakt met het zombievirus, besloten zich te verstoppen in de uitgestrekte gebieden van de blokkerige wereld. Maar het gaat ze niet lukken. Je zult iedereen vinden en vernietigen zodat het virus zich niet verder verspreidt. Je kunt in een team spelen of alleen. De keuze van de locatie is aan jou, net als het aantal doelen in Pixel Zombie Suvival Toonfare.