In de wereld van Kogama zijn er personages uit het Rainbow Friends-universum. Een confrontatie begon tussen de lokale bevolking en hen. Jij in het spel Kogama Rainbow Friends zal eraan deelnemen. Aan het begin van het spel moet je je personage kiezen. Daarna zal je held samen met de leden van zijn squadron in het startgebied staan. Op een signaal begin je vooruit te gaan op de locatie en verzamel je verschillende items en wapens. Voor elk item dat je in het spel oppakt, geven Kogama Rainbow Friends punten. Zodra je personages uit een ander squadron ontmoet, moet je ze aanvallen. Door met je wapens toe te slaan, zul je tegenstanders moeten vernietigen en er punten voor moeten krijgen.