De inwoners van een klein Japans dorp worden voortdurend onderdrukt door de plaatselijke aristocraat. Een samoerai die door Japan reisde besloot hen te helpen. Om dit te doen, moet hij de nalatenschap van een aristocraat infiltreren en vernietigen. Jij in het spel Mini Samurai Kurofune zal de samurai helpen in dit avontuur. Je held zal het landgoed moeten betreden dat wordt bewaakt door ninjahuurlingen. Ze zullen je karakter aanvallen. Jij bestuurt de acties van de held en zal tegen hen vechten. Behendig zwaaiend met een zwaard en hand-tot-hand gevechtstechnieken moet je al je tegenstanders vernietigen. Hiervoor krijg je in het spel Mini Samurai Kurofune punten. Verzamel na de dood van de vijand trofeeën die uit hem zullen vallen.