Een dappere ninja genaamd Kyoto moet op het dak van een hoog gebouw klimmen. Jij in het spel Ninja Up helpt het personage in dit avontuur. Voor je zal je ninja die op de grond staat zichtbaar zijn op het scherm. Op een signaal begint je personage naar een bepaalde hoogte te springen. Je moet met de muis een lijn onder de ninja trekken. Zodra je het tekent, verschijnt er een speciaal rubberen touw. Je held, die erop is gevallen, zal een sprong maken en omhoog vliegen. Dus door deze touwen te trekken in het spel Ninja Up, help je de held geleidelijk aan om op het dak van het gebouw te klimmen. Tegelijkertijd zul je onderweg de ninja's moeten helpen bij het verzamelen van items die op verschillende plaatsen op het speelveld in de lucht zullen hangen. Voor hun selectie in het spel geeft Ninja Up je punten.