Mario is niet enthousiast over Halloween, omdat meestal op dit moment alle boze geesten worden geactiveerd in de uitgestrektheid van het Mushroom Kingdom en Bowser al zijn volgelingen vrijlaat om er een puinhoop van te maken. In Super Mario Flash Halloween Version help je Mario alle schurken te vinden en ze af te maken door van bovenaf te springen. Alle vrienden van de held en zelfs de broer van Luigi verstoppen zich thuis en steken hun neus niet uit, alleen de dappere loodgieter is voor niemand bang. En daar is een reden voor: jij bent het, de behendige speler, die de held bestuurt en hem geen fouten laat maken in Super Mario Flash Halloween Version.