Het beroemde stripfiguur, de redder van de mensheid, de tienjarige Ben Tennyson heeft een voordeel ten opzichte van andere aardbewoners doordat hij een speciaal horloge van buitenaardse oorsprong kan gebruiken dat hem in verschillende vertegenwoordigers van andere planeten kan veranderen. Maar in het spel Ben 10 Run zullen er geen transformaties zijn, de held zal vertrouwen op zijn eigen kracht en uithoudingsvermogen. Hij zal door een open woestijngebied moeten rennen en over verschillende obstakels moeten springen. De reden voor zijn vlucht is de verdwijning van zijn neef Gwen. Je moet alles snel doen zonder tijd te verspillen, dus je moet de held helpen om over obstakels te springen en kristallen te verzamelen in Ben 10 Run.