Niemand betwist de prestaties van de Teenage Mutant Ninja Turtles en de Power Rangers, maar ze konden het onderling niet eens worden en elke groep beweert superieur te zijn. Om erachter te komen wie de beste is, besloten de helden om onderlinge gevechten te organiseren en ze zullen beginnen zodra je het spel Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash betreedt. Jij kiest de vechters die als eerste de arena betreden. Na een reeks gevechten zou er slechts één winnaar over moeten blijven. Niemand verplicht je om voor iemand te rooten, je kiest een held voor jezelf en promoot deze, waarmee je alle rivalen helpt verslaan in Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.
