Ninja is de held van veel games, en in Carrot Ninja lijkt hij veel op een gewone wortel. Dus het is - dit is een wortelninja en hij is van plan om op elk niveau naar de volgende pagode te gaan. Dit is het doel van de held. Help hem behendig op de platforms te springen en indien mogelijk munten te verzamelen. Verderop in de levels zullen er extra obstakels zijn in de vorm van robot-egels en andere problemen waar overheen gesprongen moet worden. In de rechterbovenhoek vind je het aantal wortellevens in de vorm van groene bladeren. Zodra je ze opgebruikt, moet het level opnieuw worden gestart in Carrot Ninja.
