De apocalyps kan om verschillende redenen plaatsvinden, in het spel Apocalypse Run help je de held die in het centrum van de apocalyps stond die verscheen als gevolg van de opstand van de machines. Kunstmatige intelligentie, waarvan het uiterlijk zo werd verwacht en zo werd bewonderd vanwege zijn snelle ontwikkeling, besloot dat het nu geen mensen nodig heeft. Bovendien zijn ze zelfs schadelijk, omdat ze alles verkeerd doen, zich vaak irrationeel gedragen, het milieu vernielen en hun soortgenoten doden. In de geest van de machine heeft zich een sterk geloof gevormd dat de mens het grootste kwaad op de planeet is en vernietigd moet worden. Zo begon de systematische vernietiging van de mensheid, en de held van Apocalypse Run wil dit vermijden en jij gaat hem helpen de robots te bestrijden.
