De zakelijke en zelfverzekerde held van het spel Ninja Frog Runner is een ninjakikker. Nadat hij een verband om zijn hoofd heeft gebonden, waant de pad zich onoverwinnelijk en jij helpt het aan de hele virtuele wereld te bewijzen. Om dit te doen, moet je er helemaal voor gaan en binnen de limiet van vijf minuten blijven. De held zal op alle mogelijke manieren worden gehinderd door verschillende wezens: hondsdolle vliegenzwammen, een abnormaal galopperende roze haas en een blauwe papegaai met een enorme snavel zullen van bovenaf proberen aan te vallen. En dit is nog maar het begin. Bovendien draaien er scherpe zagen op de platforms, er zijn veel putten met water of lava. Verzamel bessen, inclusief het breken van bruine blokken in Ninja Frog Runner.
