De vruchten in Fruit Ninja zijn niet bedoeld om als salade of gewoon voor de lol te eten. Een bos fruit werd verzameld door de held van het ninjaspel, om zijn vaardigheden met een katana-zwaard niet te verliezen. De held werkt als kok in een café, een paar jaar geleden verliet hij zijn geboorteland niet uit vrije wil, maar verstopte hij zich voor de lokale maffia. Maar de handen van de maffia zijn lang en ze kunnen hem op elk moment vinden, wat betekent dat je voorbereid moet zijn en dat training vereist is. En aangezien er geen speciale sportuitrusting bij de hand is, moet je fruit gebruiken. De assistent gooit watermeloenen, bananen, appels, kiwi's en ander fruit en jij snijdt ze in Fruit Ninja.
