Er zijn verschillende prototypes gemaakt in de Matrix, en een daarvan, nummer 09435, bleek het meest succesvol te zijn. Dit is een digitale jongen die zich razendsnel begon te ontwikkelen en al snel de buitenwereld wilde verkennen. Hij vond een manier om de matrix te verlaten en ging op weg naar Prototype Guy. De makers besloten zich niet met de man te bemoeien, ze vragen je om hem te helpen zich aan te passen en obstakels te overwinnen. Het is noodzakelijk om over scherpe punten en vierkante robots te springen. Trouwens, robots kunnen worden vernietigd door er direct bovenop te springen. Als het obstakel niet wordt overwonnen, begint de held opnieuw in Prototype Guy.
