Choo Choo Charles Revenge neemt je mee naar het eiland Aranearum, waar een vreselijk monster tekeer gaat: een hybride van een gigapider en een trein genaamd Charles. Een archivaris, een monsterjager, was ooit in staat een monster te verslaan door het een tunnel in te drijven en het af te dichten met een speciaal beschermend schild. Maar er was een mislukking en Charles wist zich te bevrijden. Hij doorzoekt het eiland op zoek naar slachtoffers, en jij moet hem vinden. Achivarius is op vakantie, je moet zonder hem vechten en jij, in tegenstelling tot de monsterjager, zal lopen in plaats van op treinen rijden. Doorzoek het eiland, vind het monster en vernietig het in Choo Choo Charles Revenge.