De heldin van het spel Run Healthy voelt zich uitgeput en hoest, wat duidelijk duidt op het begin van een verkoudheid. Om te voorkomen dat de malaise zich tot ernstiger gevolgen ontwikkelt, moet deze bij de wortel worden vernietigd. Om deze reden zal het zogenaamde gezonde joggen beginnen. Terwijl je licht rent, begeleid je de heldin om gezond voedsel te verzamelen en vette hamburgers te vermijden. De schaal boven het hoofd van het meisje moet worden aangevuld om ze een waardige afwijzing te geven bij het tegenkomen van virussen. Bij de finish moet je door verschillende fitnessapparaten gaan: een loopband, een halter optillen, enz. Dit alles is bedoeld om de gezondheid te verbeteren. Het resultaat is dat het meisje vrolijk en helemaal gezond wordt in Run Healthy.
