De ninja was net terug van een wandeling en besloot zijn geboorteklooster te bezoeken, waar hij studeerde, en zijn favoriete leraar, die hem een enorme hoeveelheid kennis gaf en hem leerde hoe hij zijn lichaam en geest kon beheersen. Hij trof de monniken aan in moedeloosheid en grote frustratie. De dag ervoor viel de rode samoerai het klooster aan en stal een verzameling oude stenen met runen. Dit zijn heilige stenen die al eeuwenlang in het klooster worden bewaard. Onze held zwoer alles wat gestolen was terug te geven en vertrok onmiddellijk op reis. Help de held in Ninja Run zijn heilige missie te vervullen. De ninja zal rennen en jij helpt hem om op tijd over obstakels en over vijanden te springen en stenen te verzamelen.
