De oorlog tussen Skibidi-toiletten en cameramannen is al geruime tijd aan de gang. Het voordeel ligt nu aan de ene kant, nu aan de andere kant, de strijdlijn is voortdurend in beweging totdat de overwinning voor een van de partijen wordt verwacht. Deze stand van zaken is zeer vermoeiend, het aantal krijgers neemt voortdurend af en als de situatie niet verandert, kunnen beide volkeren eenvoudigweg verdwijnen. Om deze reden besloten de toiletmonsters om in het spel You vs Boss Skibidi Toilet een megabaas aan hun zijde te zetten, in de hoop dat er niemand tegen hem zou zijn. Dit is een geweldige kans voor jou, want als hij verslagen wordt, zullen de anderen vluchten en zal de strijd gewonnen worden. Het enige dat overblijft is winnen en hiervoor heb je alle benodigde middelen. Schiet vanuit een machinegeweer, gebruik vaten brandstof om een enorme explosie te veroorzaken. Bovenaan zie je een schaal - dit is het leven van de Skibidi-baas. Zodra het leeg is, win je. Doorloop de niveaus, het blijkt dat de toiletmonsters meer dan één baas hebben en dat je met elk van hen moet omgaan. Pas op voor zijn laser, en daarnaast zal hij ook kleine wapens gebruiken in You vs Boss Skibidi Toilet en zul je de hele tijd behendig moeten manoeuvreren om de held te beschermen.
