Er lijkt niet zoiets te bestaan als zwaartekracht voor de ninja's in Flip Ninja. Hij kan met dezelfde behendigheid opspringen en vervolgens naar beneden vallen, waarbij hij altijd stevig op beide voeten staat. Daarom is het springen zelf geen probleem voor hem, maar wat zich in de ruimte bevindt, wordt een test. Scherpe shurikens en andere doordringende en snijdende voorwerpen vliegen van links en rechts naar buiten. Je moet het moment kiezen waarop het pad vrij is en pas dan springen. Voor elke succesvolle sprong krijg je één punt, en als het je lukt om een vrucht te pakken: rood of groen, krijg je in Flip Ninja in één keer drie punten.