In de huidige oorlogen ligt de nadruk op moderne technologie en raketten met verschillende reikwijdten zijn van bijzondere waarde. Ze worden nauwkeuriger en destructiever, en je zult een aantal soorten raketten in Boom Missile 3D moeten besturen. De taak is om het doel op het eiland te raken. De inlichtingendienst meldde zich en de partizanen pasten het doelwit aan. Het enige wat je hoeft te doen is de raket te richten en te manoeuvreren, aangezien de vijand hem op welke manier dan ook zal proberen neer te schieten. Alles wat naar je toe vliegt is een bedreiging, zelfs onschuldige ballonnen. Ontwijk en ga richting het doel totdat er een grote bada-boom optreedt. Op elk niveau raak je doelen van verschillende moeilijkheidsgraad in Boom Missile 3D.