In het tweede deel van het spel Pandemic 2 zet je je missie voort om de hele mensheid als een dodelijke pandemie te vernietigen. Het spel begint met het kiezen van het type ziekte: virus, bacterie of parasiet. Vervolgens kiest u een startpunt voor uw infectie. Van daaruit zul je je ziekte naar de rest van de wereld moeten verspreiden. Door zich over de hele wereld te verspreiden, kunt u uw ziekte verbeteren en ervoor zorgen dat mensen er niet aan lijden. Pas uw virus voortdurend aan, zodat de mensheid er geen geneesmiddel voor kan bedenken. Dus geleidelijk vernietig je de hele bevolking van de planeet in het spel Pandemic 2