Inwoners van een klein stadje klaagden voortdurend dat er maar één trein langs hun station reed, ze hadden er nog een nodig, en de burgemeester liet een andere trein naar hen toe rijden in Train VS Train, maar vanaf die dag begonnen de problemen. De treinen konden de spoorlijnen niet delen en kwamen voortdurend met elkaar in botsing. Je moet dit probleem oplossen, en wel op tientallen niveaus. Lanceer de treinen op het juiste moment, zodat ze hun weg vervolgen en stoppen zonder elkaar te hinderen. Als de treinen botsen. Je zult het level opnieuw moeten spelen. Het is belangrijk om het juiste moment te kiezen om de trein te starten, dan komt alles goed en gebeuren er geen ongelukken in Train VS Train.
