Flipperen wordt gespeeld door gebruik te maken van zware metalen ballen, een of meer, om over het speelveld te lanceren en punten te scoren door verschillende objecten te raken. De held in Pinbo Quest zal iets grotere ballen gebruiken om zijn pad vrij te maken en door alle poorten te gaan. In het begin verzamelt de held zes ballen achter zijn rug, en jij richt zijn worpen om niet alleen blokken met numerieke waarden te vernietigen, maar ook vijandige soldaten die het pad kunnen blokkeren. Naast ballen kun je raketten en bommen gebruiken, maar deze zijn niet gratis. Voor elke succesvolle pass krijg je de mogelijkheid om drie kisten uit een set in Pinbo Quest te kiezen.
