Als je een wapen in handen krijgt, moet je weten hoe je het moet gebruiken, anders kan het slecht aflopen. Cannon Balls 3D vertrouwt je echter een heel kanon toe en is niet bang dat je iets verkeerd zult doen. Wat van u wordt verlangd is niet zozeer nauwkeurigheid als wel het vermogen om logisch te denken en de wetten van de natuurkunde in de praktijk toe te passen. Wat de nauwkeurigheid betreft, alles is eenvoudig. Je klikt op de plek waar je de kanonskogel naartoe wilt richten en hij vliegt daarheen. Natuurkunde is een andere zaak. Je moet alles wat er is van het platform verwijderen, en het aantal kernen is beperkt. Bedenk waar je het beste kunt slaan, zodat de structuur zoveel mogelijk instort. Elk niveau heeft vier subniveaus en zelfs meer. Nadat je er drie met succes hebt voltooid, wordt de limiet op het aantal kernen verwijderd. Je kunt de bom gebruiken als deze voldoende is opgeladen in Cannon Balls 3D.