Een man met de superkrachten van Spider-Man ging bij de buitenlandse inlichtingendienst dienen en werd een speciaal agent zoals James Bond. Maar hij heeft geen wapen nodig; hij kan omgaan met zijn vijanden. Wat een web losmaakt van de boog en de vijand ermee verstrikt, waardoor hij volledig wordt geïmmobiliseerd. In Mutant Assassin 3D help je de held missies te voltooien door ongewenste vijandelijke agenten uit te schakelen. Het vernietigingsmechanisme is eenvoudig: je richt de groene cirkel op de volgende rode slechterik en laat het web los. Het wikkelt zich om het lichaam en de vijand is verslagen. Op dezelfde manier moet je stapels geld verzamelen, ze moeten worden verzameld om het level in Mutant Assassin 3D te voltooien.
