De rode en blauwe stickmen zijn gezworen vijanden in het leven, maar het gebeurde zo dat ze allebei in dezelfde gevangeniscel belandden in Stick Bros Leave Prison. Ze gaan niet bij elkaar zitten en het is niet gepast om een krachtmeting in een krappe cel te regelen. De gevangenen besloten zich eerst te verenigen en te ontsnappen, waarna ze in het wild met elkaar konden omgaan. In de tussentijd zul je samen moeten handelen, net zoals jij en je partner als je samen speelt. Je kunt echter ook alleen spelen en de personages één voor één besturen. Om van de een naar de ander te schakelen, drukt u op de C-toets. Overwin obstakels, verzamel sleutels om de deur naar een nieuw niveau te openen. Als een van de stickmen faalt en het level niet wordt voltooid, kun je zijn pad opnieuw doorlopen in Stick Bros Leave Prison.
