De ruimtelandingsmacht in Doom 2D werd naar Mars gestuurd, waar zich een complex bevindt dat eigendom is van de United Space Corporation. Daar vond geheim onderzoek naar de hel plaats. Het laboratorium werd gebouwd op een portaal dat ooit was ontdekt en wetenschappers begonnen het te bestuderen en de mogelijkheid om het te gebruiken ten behoeve van de mensheid. Uiteindelijk verliep alles helemaal niet zoals gepland. Demonen klommen uit het portaal en vielen de kolonisten aan. De parachutist moet geheime onderzoeksbestanden op harde schijven ophalen en degenen die nog in leven zijn redden. Help hem, hij zal zich door het terrein moeten verplaatsen en demonische wezens moeten bevechten in Doom 2D.
