De miniatuurpixelheld neemt Micro Metroid mee op reis door een microplatformwereld in Metrovania-stijl. Help hem gevaarlijke gebieden op de platforms te passeren, en ze zullen alleen maar talrijker worden. Pas op voor de versnellingen en kies plaatsen waar je op het platform kunt springen en verder kunt gaan. Onderweg zullen er vlaggen zijn - dit zijn controlepunten die je een plek zullen bieden waar de held zal terugkeren als hij op spijkers terechtkomt of van een platform valt in Micro Metroid.
