De held van het spel Counter-Strike: Reboot zal met jouw hulp deelnemen aan twaalf missies. Omdat de inhoud strikt geheim wordt gehouden, worden de doelen onthuld terwijl je de vorige missie voltooit. De eerste heet Alpha en jouw taak is om de aanval van terroristen af te weren die jouw basis willen veroveren. Bij andere missies zul je andere taken moeten uitvoeren, zoals: het bevrijden van gijzelaars, het vernietigen van terroristische bases, het opruimen van mijnen, enzovoort. Alle missies zijn beperkt in de tijd, je moet problemen snel en efficiënt oplossen in Counter-Strike: Reboot.
