Het leven in het Mushroom Kingdom wordt opnieuw verstoord door de ontvoering van prinses Peach. Bowser kan niet kalmeren en kan niets nieuws bedenken, behalve de prinses ontvoeren. Mario in Super Mario Flash gaat op reis om een meisje te redden, dit is niet de eerste keer voor hem, en je hebt een reden om opnieuw deelnemer te worden aan een leuk avontuur. Leid Mario over de platforms en spring op kwaadaardige paddenstoelen en schildpadden. Vind de grote magische vliegenzwam die de loodgieter in Super Mario zal veranderen. Bovendien kun je op de platforms een magische bloem vinden, die de held ook zal versterken en kracht zal geven in Super Mario Flash.
