Mario's avonturen gaan verder in Super Mario Flash 2. zijn vorige missie om prinses Peach te redden was succesvol, maar de held hoefde niet lang op zijn lauweren te rusten. De arme prinses werd opnieuw ontvoerd en deze keer werd het gedaan door een draak. Hij plaatste de gevangene in de toren en eist volledige onderwerping van het Paddenstoelenrijk. Mario had nog geen tijd gehad om te rusten, maar ging weer op pad. Deze keer zal hij met meer vijanden te maken krijgen, ze zullen massaal aanvallen. Wees snel en behendig terwijl je op de hoofden van je vijanden springt en ze vernietigt in Super Mario Flash 2.