Je boerderij in Farmers Versus Aliens wordt ernstig bedreigd vanuit de ruimte. Om de een of andere reden besloten buitenaardse wezens uit een ver sterrenstelsel dieren van je boerderij te ontvoeren, en dit is helemaal niet goed. Niets kan het verlies van levende wezens verklaren; wie zal geloven dat buitenaardse wezens koeien, schapen, varkens en paarden hebben gestolen. Je moet ze verstoppen en om dit te doen moet je de boer helpen elk dier naar een groen driehoekig gebied te drijven waarop het bijbehorende dier is getekend. Dit zal al je levende wezens verbergen voor de ogen van buitenaardse wezens. Maar schiet op, anders starten ze Operatie Farmers Versus Aliens.
