De held van het spel Subway Runner 3D miste de laatste trein in de metro en besloot te voet naar huis te gaan, maar langs de metro, zonder naar de oppervlakte te gaan. Een politieagent van dienst heeft hem opgemerkt en wil hem tegenhouden, omdat het ten strengste verboden is om op de metro te lopen, zelfs als de treinen niet meer rijden. Maar dit hield onze held niet tegen; hij versnelde en rende om de achtervolging van de politieman kwijt te raken. Help hem obstakels te vermijden, eroverheen te springen of eronder te kruipen. Verzamel munten en rennen wordt winstgevend voor de held in Subway Runner 3D.
