Twee broers bevonden zich in Prison Twins tegelijkertijd in de gevangenis en beiden besloten te ontsnappen door hun krachten te bundelen. De gevangenis waarin ze zich bevinden is een structuur die diep onder de grond gaat. Het is bijna onmogelijk om eraan te ontsnappen. De cellen van de helden bevinden zich op het laagste niveau, wat betekent dat de vluchtelingen vele niveaus zullen moeten overwinnen om naar de oppervlakte te komen. Jij helpt de helden; op elk niveau moet je drie sleutels vinden om de nodige deuren te openen en gevaarlijke vallen te omzeilen. In Prison Twins moeten broers elkaar helpen.