Merge Train Last Rail speelt zich af aan boord van een mysterieuze trein die ergens in een alternatieve wereld is gestopt. Om de beweging te hervatten heb je een speciale sleutel nodig, maar daarnaast zul je enkele componenten en mechanismen moeten repareren, en hiervoor heb je gereedschap en verschillende onderdelen nodig. Dit alles kun je op een speciaal speelveld krijgen via de merge-optie. Combineer twee identieke items om een nieuwe te krijgen, voltooi passagiersorders en ontgrendel alle items op het veld in Merge Train Last Rail.