Er is een sekte, waar jonge jongens leren de kunst van de ninja. Dit is een zeer moeilijke weg, die niet alleen een goede fysieke voorbereiding, maar ook standvastigheid vereist. Om te voldoen aan alle wetten van de code ninja, niet iedereen kan. De Ninja Boy spel, zal je kennis met Kuhn, een jongen die besloot om zijn leven te wijden aan de ninja-code. Gisteren, werd aangevallen op zijn school. De aanvallers zijn geen mensen, en een aantal zeer vreemde monsters. Ze stalen alle schatten van de ninja school. Nu, alleen Kun kan herstellen gestolen, maar hij heeft je hulp nodig. Je moet hem te leiden, zodat hij, met een minimum aantal zetten, te doden monsters en schatten terug.