Ben 10 is geen onbekende voor de komst van een nieuwe groep aliens die aardbewoners willen belasteren. Maar deze keer in Ben 10 Omnitrix Shadow werden de zaken veel serieuzer. De buitenaardse wezens werden geleid door een ridder in zwart pantser, hij lanceerde een stroom van energie in Ben en infecteerde de man met donkere energie. Toen gingen de indringers snel weg. Een donker virus heeft zich in de held gevestigd, die hem in de loop van de tijd tot een kwaadaardig monster zal maken, net als al diegenen die in de omnitrix zijn. Om de situatie op te lossen en van het virus af te komen, moet je de drie schurken vinden en ze vernietigen. Help het personage weer zichzelf te worden en de transformatie te voorkomen.