Naast dagelijkse diensten in de stad, heeft Spider-Man geheime missies om de rust van de stedelingen te beheersen. Leden van de regering en verschillende instanties. Veiligheidsgerelateerde landen. Ze wenden zich tot een superheld voor hulp in bijzonder moeilijke en belangrijke zaken, waar gewone mensen het niet aan kunnen. In het spel Spider-man vs Robot vind je een held die net zo'n speciale missie uitvoert. Hij moet een geheime basis infiltreren waar terroristen van een wereldwijde schaal zich hebben gevestigd en deze vernietigen. Maar de toegangen tot de basis worden zorgvuldig bewaakt en de held zal het moeten opnemen tegen een hele horde robots en zombies in Spider-man vs Robot.