Op een ochtend werd Mario wakker van het feit dat iets hem ervan weerhield om op zijn rug te gaan liggen. Nadat hij wat gezwellen had gevonden, was hij nogal bang en kwam onmiddellijk tot bezinning uit angst en rende naar de spiegel om te kijken. Wat erachter zat. Toen hij de kleine vleugels zag, was de held verrast en in eerste instantie zelfs overstuur in Flappy Mario. Maar toen, bij nader inzien, besloot hij dat het vermogen om te vliegen hem veel voordelen zou opleveren. Hij hoeft niet meer voor transport te zorgen, hij kan het pad door de lucht veel sneller overwinnen dan op een motor of auto. Het blijft alleen om te leren vliegen en je zult hem hierbij helpen door het Flappy Mario-spel te betreden.