Pokémon zijn terug en je zult ze vinden in de Monster Box-game naarmate je verder komt in de levels. De speler zal optreden als trainer, maar de traditionele pokeballs worden vervangen door kubussen, maar ze bevatten ook kleine monsters. Om het level te voltooien, moet je ofwel het monster verslaan. Of neem hem mee naar boksen. Houd er rekening mee dat de kleur van de doos moet overeenkomen met de kleur van de Pokémon. Als een ander monster je begint aan te vallen, gooi dan de doos met je monster zodat hij de tegenstander verslaat. Elk niveau heeft zijn eigen situatie. Waarin je de juiste oplossing moet vinden om uiteindelijk je tegenstander te verslaan en het level in de Monster Box te voltooien.