Een van de ninjaschildpadden besloot deel te nemen aan de race met de monsters. Dit is een riskante onderneming, omdat monsters onderweg een tegenstander kunnen opslokken. Maar blijkbaar wil onze held spanning, en jij helpt hem te overleven en zelfs deze exotische race genaamd Ninja Runner Fighter te winnen. Zodra het signaal klinkt, moet je naar voren rennen, verticale muren beklimmen, over obstakels springen. Een ninja kan zich behendig vastklampen aan elk van de monsters die voor hem rennen en zo kracht sparen, en dan naar de finish rennen en iedereen inhalen. Gebruik verschillende strategieën om Ninja Runner Fighter te winnen.
