De meest verschillende universums, de een na de ander, worden gevangen genomen door monsters van Skibidi-toiletten. Mario volgt het nieuws op de voet en begrijpt dat ze vroeg of laat het Mushroom Kingdom zullen bereiken. Hij besloot dit te voorkomen en ging naar de veroverde werelden om de schurken daar te vernietigen. Hij heeft dit met een reden besloten, onze held heeft lange tijd in de inlichtingendienst gediend, hoewel maar weinig mensen hiervan op de hoogte zijn, en over alle noodzakelijke vaardigheden beschikt. De held bevindt zich in het gebied dat de Skibidi-monsters hebben veroverd. Een loodgieter met spionagevaardigheden moet het gebied verkennen en proberen alles zo stil mogelijk te maken. Volledige stilte kan echter niet worden bereikt. Controleer zijn bewegingen met de pijlen. Onderweg zullen er obstakels zijn waar je overheen moet springen. Botsingen zijn onvermijdelijk en het is de moeite waard om je er van tevoren op voor te bereiden, zodat je vanuit de meest geschikte positie kunt aanvallen. De jouwe zal geen wapens kunnen gebruiken, omdat luide schoten onnodige aandacht naar zijn persoon zullen trekken. Ga een man-tegen-man-gevecht aan met de vijand, sla toe met de Z-toets en ga vooruit in Super Spy Mario VS Skibidi Toilet. Elk voltooid niveau wordt beloond en je kunt Mario versterken.