Vogelmigratie is de jaarlijkse trek van vogels naar warmere streken. Zodra de herfst aanbreekt, trekken veel vogelsoorten naar het zuiden om de koude winter te overleven. Eenden zijn daar een van, en in het spel help je een eend een moeilijke vlucht te overwinnen. Maar eerst moet je een personage kiezen uit de helden die in het spel worden gepresenteerd: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen en Dax. Elk van hen zal uw controle gehoorzamen. De plot van Migration Flappy Duck is dat je vogel achter de kudde is geraakt. Toen al haar familieleden wegvlogen, raakte haar vleugel beschadigd, maar nu is deze genezen en kun je proberen de kudde in te halen en samen te vliegen. Maar eerst zul je een heleboel obstakels moeten overwinnen en krachtig met je vleugels moeten klapperen zonder pauze in Migration Flappy Duck.
