Onder dekking van de duisternis gaat een dappere ninja op jacht en jij moet hem helpen zijn taak in Night Ninja uit te voeren. En het bestaat uit het ontruimen van het territorium van bandieten die zichzelf ook als ninja's beschouwen en daardoor nobele krijgers kleineren. Overvallers gaan 's nachts vissen, dus onze held moet ook' s nachts handelen. In de rechterbovenhoek zie je de taak voor elk niveau. Het ligt in het aantal vernietigde vijanden. Om te elimineren, moet je een shuriken gebruiken, deze van een afstand gooien, en een katana-zwaard voor gevechten van dichtbij. Alle benodigde knoppen bevinden zich in de rechter benedenhoek van Night Ninja.