De maffia in Japan heet de Yakuza en is een zeer ernstige criminele organisatie die volgens haar eigen regels buiten de wet om opereert. Als ze iets nodig heeft, neemt ze het, ongeacht de levens en behoeften van degenen die haar in de weg staan. Samurai vs Yakuza laat je kennismaken met een samurai die zijn dorp wil redden. De bandieten hielden van haar vanwege de oude tempel die zich op haar grondgebied bevindt. In deze tempel staan verschillende waardevolle beeldjes, die het hoofd van de Yakuza wilde bezitten. Onze held stond een heel maffialeger in de weg en zal met jouw hulp de aanval van in het zwart geklede overvallers in Samurai versus Yakuza afslaan.