In Flappy Crush vliegen gepixelde boze vogels naar jouw territorium, maar je kunt ze niet missen en om dit te doen moet je behendig twee pijpen besturen die met elkaar in verbinding staan als je erop klikt. Als er een vogel tussen komt, zal hij het niet overleven. De vogels kunnen niet anders dan tussen twee pijpen vliegen, en je moet snel reageren en druk uitoefenen zodat geen enkele vogel er doorheen kan glippen. De moeilijkheidsgraad in Flappy Crush zal geleidelijk toenemen en bestaat uit het feit dat er steeds meer vogels zijn, wat betekent dat je sneller reageert.
