De ninja heeft lang gestudeerd en eindelijk is het tijd om zijn kennis en vaardigheden te gebruiken in Dark Ninja Hanjo. Sensei liet zijn student weten dat hij klaar was om een zelfstandig leven te beginnen, maar tegelijkertijd werd de oud-student gevraagd een zeer belangrijke missie uit te voeren om de stad te herstellen. De missie zal laten zien hoe voorbereid de held is. De stad wordt verteerd door duisternis; bevrijd haar, je zult demonen of bezeten krijgers moeten bevechten. De ninja zal kunnen laten zien waartoe hij in staat is. Ontvang instructies van de leraar in de beginfase, hij zal zijn leerling vergezellen, maar dan moet je alleen handelen in Dark Ninja Hanjo.
